Identificación del virus de hepatitis delta genotipo 3 en comunidades andinas y amazónicas del Perú

Introducción. El virus de la hepatitis delta (VHD) es el causante de la forma más severa de la hepatitis viral humana, se asocia con un riesgo alto de fibrosis al hígado y carcinoma hepatocelular (HCC). Existen 8 genotipos del VHD con diferente distribución geográfica. Objetivos. Identificar los genotipos del VHD circulante en Huanta y tres pueblos indígenas de la Amazonía peruana. Métodos. Estudio observacional y transversal, realizado en 582 muestras reactivas para anti-HBc del VHB. Por el método nRT-PCR se procesaron todos los anti VHD positivos, el genotipo fue determinado mediante secuenciamiento directo tipo Sanger y análisis filogenético del fragmento R0. Se utilizaron 111 secuencias de referencia del GenBank. Las 42 secuencias del estudio fueron editadas y ensambladas con programas bioinformáticos. El análisis filogenético y evolutivo se realizó con los programas: Beast V2.5.2, Jmodeltest v2.1.10, Tracer v1.7.1, Tree Annotator y Figtree v1.4.4. Se utilizaron los modelos Bayesianos Yule y Birth Death skyline serial, el MCMC en 30 y 80 millones respectivamente, con el relaxed uncorrelated Exponential molecular clock. Se calcularon las medidas de resumen y de tendencia central utilizando el programa en STATA 14.0. Resultados. La media de la edad fue de 38 años, el 52,8% fueron mujeres. 101 muestras fueron positivas para anticuerpos anti-VHD. El ARN del VHD fue detectado en el 49,5% de las muestras reactivas a ELISA anti-VHD. El análisis filogenético determinó la presencia del genotipo 3. Conclusiones. Se evidencia la presencia del genotipo 3 del VHD en comunidades andinas y amazónicas del Perú.

Introduction. The Hepatitis Delta Virus (HDV) is the cause of the most severe form of human viral hepatitis and is associated with a high risk of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma (HCC). There are 8 HDV genotypes with different geographic distribution. Objectives. To identify the genotypes of VHD circulating in Huanta and three indigenous peoples of the Peruvian Amazon. Methods. Observational and cross-sectional study, from 582 reactive samples for anti-HBc-HBV. Anti-HDV positive samples were processed with the nRT-PCR method, genotype was determined by direct Sanger-type sequencing and phylogenetic analysis of the R0 fragment. 111 reference sequences from GenBank were used. The 42 sequences of the study were edited y assembled with the bioinformatics programs. Phylogenetic and evolutionary analysis was performed with the following software: Beast v2.5.2, Jmodeltest v2.1.10, Tracer v1.7.1, Tree Annotator and Figtree v1.4.4. The Bayesian Yule and Birth Death skyline serial models were used, the MCMC at 30 and 80 million respectively, with the relaxed uncorrelated Exponential molecular clock. Summary and central tendency measures were calculated using the program in STATA 14.0. Results. The mean age was 38 years, 52.8% were women. 101 samples were positive for anti-HDV antibodies. HDV RNA was detected in 49.5% of the anti-HDV ELISA reactive samples. Phylogenetic analysis determined the presence of genotype 3. Conclusions. The presence of HDV genotype 3 in Andean and Amazonian communities of Peru is evidenced.

Seroprevalencia de la infección por el virus SARS-CoV-2 en estudiantes de pregado de ciencias de la salud de una universidad pública / Seroprevalence of SARS-CoV-2 virus infection in undergraduate health sciences students from a public university

RESUMEN Introducción. El primer caso de COVID-19 en el Perú fue reportado el 5 de marzo del 2020 y se declaró el aislamiento social el 16 de marzo, quedando con ello interrumpida la actividad académica en las instituciones educativas. Objetivo. Determinar la seroprevalencia y los factores de riesgo asociados a la infección por SARS-CoV-2 en estudiantes de pregrado de una facultad de medicina en una universidad pública. Métodos. Estudio descriptivo, transversal mediante una encuesta serológica a una muestra aleatoria representativa de la población de estudiantes de pregrado de ciencias de la salud, utilizando una prueba rápida para la detección de anticuerpos IgG, IgM, o ambos, mediante la toma de muestra de sangre total del pulpejo de dedo. Resultados. Para el mes de agosto del 2021, el 24,92% (IC95% 18,2-33,0) de los estudiantes de ciencias de la salud presentaron anticuerpos contra el SARS-CoV-2, de ellos el 21,2% a IgG, 2,3% a IgM y 0,8% a ambos, el 75,08% (IC95% 66,9-82,0) no presentaron anticuerpos. Conclusiones. La seroprevalencia en estudiantes no muestra diferencia con la seroprevalencia de la enfermedad en la población general. Por lo tanto, para reiniciar las actividades académicas presenciales, esta población debe ser vacunada y debe cumplir además con las medidas no farmacológicas para la prevención y el control de la pandemia como son la ventilación natural de los ambientes, el uso de medidas de protección personal- mascarillas, lavado de manos y el distanciamiento físico.

ABSTRACT Introduction. On March 5 2020, the first case of COVID-19 was reported and on March 16, order of quarantine was issued which resulted in interruption of academic activities. Objective. Determine the seroprevalence and risk factors associated to SARS-CoV-2 infection in undergraduate students of the school of medicine in a public university. Methods. Descriptive cross-sectional study by means of a serology survey to a representative sample of the population of undergraduate students of a health sciences school using a rapid test to detect antibodies IgG, IGM or both in a total blood sample by digital punction. Results. On August 2021, 24,92% (IC95% 18,2-33,0) of students of health sciences tested positive for antibodies anti SARS-CoV-2, 21,2% for IgG, 2,3% for IGM and 0,8% for both; 75,08% (IC95% 66,9-82,0) tested negative antibodies. Conclusions. The seroprevalence in students was not different from the seroprevalence in general population. Therefore, in order to restart presential academic activities this population must be vaccinated and other nonpharmacological requirements should be accomplished for prevention and control of the pandemics such as natural ventilation of classrooms, use of personal protection equipment - masks, hand washing and keeping physical distancing.

Validación y evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real in house para la detección de SARS-CoV-2 usando un gen específico RdRp y control endógeno GAPDH / Validation and evaluation of RT-PCR real time in house test to detection of SARS-CoV-2 using specific RdRp gene and GAPDH endogen control

RESUMEN Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para los genes RdRP de SARS-CoV-2 y GAPDH de humanos; este último fue usado como control endógeno. Se evaluó la especificidad y sensibilidad; además, se evaluó otros parámetros como la robustez, la repetibilidad, reproducibilidad, comparabilidad y el límite de detección. La sensibilidad, especificidad, los valores predictivos positivo y negativo, la robustez, comparabilidad y la repetibilidad-reproducibilidad de la prueba de RT-PCR en tiempo real dúplex fue de 100%, con un límite de detección de 100 copias/µL, de acuerdo con los criterios de aceptación establecidos para validación del protocolo. Esta prueba estandarizada es una buena alternativa para el diagnóstico de COVID-19; además, la prueba fue aplicada de manera exitosa en personas sospechosas de la enfermedad permitiendo controlar el número de falsos negativos.

ABSTRACT The present work validated and evaluated a duplex real-time RT-PCR using specific primers and probes for genes RdRp from SARS-CoV-2 and GAPDH from humans; the latter was used as an endogenous control in all reactions. We evaluated the specificity, the sensitivity, the robustness, the reproducibility, the repeatability, the comparability, and the limit of detection. The predictive positive and negative values (PPV and PNV, respectively) and all the parameters evaluated using our duplex real-time RT-PCR was 100%. The detection limit was 100 copies/µL according to the acceptance criteria established for the validation of this protocol. Our duplex real-time RT-PCR demonstrated to be a good alternative for the diagnosis of COVID-19; in addition, this PCR was used adequately in suspicion of COVID-19, allowing it to control the number of false-negatives.